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2 Import data

4 Gene set IFN with visualization by PCA

2 gene set =
- REACTOME_INTERFERON_SIGNALING : 308 genes
http://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/human/geneset/REACTOME_INTERFERON_SIGNALING.html
- WP_HOSTPATHOGEN_INTERACTION_OF_HUMAN_CORONAVIRUSES_INTERFERON_INDUCTION : 33 genes
http://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/human/geneset/WP_HOSTPATHOGEN_INTERACTION_OF_HUMAN_CORONAVIRUSES_INTERFERON_INDUCTION.html

4.1 Set REACTOME_INTERFERON_SIGNALING

## [1] "Sur les 308 gènes du gene set IFN, 71 sont dans le jeu de donnée"
## [1] "Sur les 308 gènes du gene set IFN, 39 sont dans les genes DE à VT1"
## [1] "Sur les 153 gènes du DE à VT1, 114 ne sont pas dans le gene set IFN"
## [1] "Sur les 308 gènes du gene set IFN, 31 sont dans les genes DE à VT2"
## [1] "Sur les 63 gènes du DE à VT2, 32 ne sont pas dans le gene set IFN"
## [1] "PCA VT1 gene IFN"

## [1] "gene DE VT1 IFN"

## [1] "gene DE VT1 not gene set IFN "

## [1] "PCA VT2 gene IFN"

## [1] "gene DE VT2 IFN"

## [1] "gene DE VT2 not gene set IFN "

4.2 Set WP_HOSTPATHOGEN_INTERACTION_OF_HUMAN_CORONAVIRUSES_INTERFERON_INDUCTION

## [1] "Sur les 33 gènes du gene set IFN, 31 sont dans le jeu de donnée"
## [1] "Sur les 33 gènes du gene set IFN, 10 sont dans les genes DE à VT1"
## [1] "Sur les 153 gènes du DE à VT1, 143 ne sont pas dans le gene set IFN"
## [1] "Sur les 33 gènes du gene set IFN, 9 sont dans les genes DE à VT2"
## [1] "Sur les 63 gènes du DE à VT2, 54 ne sont pas dans le gene set IFN"
## [1] "PCA VT1 gene IFN"

## [1] "gene DE VT1 IFN"

## [1] "gene DE VT1 not gene set IFN"

## [1] " PCA VT2 gene IFN"

## [1] "gene DE VT2 IFN"

## [1] "gene DE VT2 not gene set IFN"